اندیشکده از هفت دپارتمان مطالعات راهبردی (آینده‌پژوهی، ستیزه‌شناسی، مرکز کند و کاوهای استراتژیک)، اقتصاد بین الملل، مطالعات منطقه‌ای(آسیا، آفریقا، اروپا و روسیه، آمریکا و اقیانوسیه)، حقوق بین‌الملل (سازمان های بین المللی، حقوق بشر و مطالعات صلح، معاهدات و اسناد بین المللی)، مطالعات زنان، اندیشه و نظریه های سیاسی، و فناوری اطلاعات تشکیل شده است. همچنین مباحث پر اهمیت روز و پدیده‌های نوظهور هم در گروهی با عنوان پرونده‌های ویژه پوشش داده می‌شوند که از جمله مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به پرونده هسته‌ای ایران، بیداری اسلامی، جنبش وال استریت و همچنین بیوتروریسم اشاره کرد.
