وظایف کلی پژوهشگاه فضای مجازی مرکز ملی به شرح زیر می باشد: رصد و پایش وضعیت فضای مجازی ـ شناسایی خلاهای تخصصی کشور در حوزه فضای مجازی و تعیین اولویت‌های علمی و فناوری حوزه ـ برنامه ریزی و زمینه سازی برای گسترش نوآوری‌های علمی و فناوری این عرصه و تربیت نیروهای علمی مورد نیاز ارتباط موثر با دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی ـ حمایت هدفمند از نخبگان و شرکتهای دانش بنیان در موضوعات فضای مجازی.
