مركز تحقيقات استراتژيك رياست جمهوري در سال 1368 تأسيس گرديد. در اساسنامه اين مركز، معاونتي با عنوان معاونت امور دفاعي پيش‌بيني گرديده بود كه مسئوليت آن برعهده رئيس ستادكل نيروهاي مسلح بود. با شروع به‌كار اين معاونت و به‌علت نوع طبقه‌بندي اطلاعات نظامي، همواره انتقال و دسترسي به اين‌گونه اطلاعات، سبب بروز مشكلاتي مي‌گرديد. در جهت رفع اين مشكل، جلسات متعددي با حضور رؤساي وقت ستادكل و مركز مزبور برگزار گرديد كه در نهايت به تفكيك معاونت دفاعي از مركز تحقيقات استراتژيك رياست جمهوري و تبديل شدن آن به يك مركز مستقل شد. مرکز تحقیقات راهبردی دفاعی بازوی تحقیقاتی ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران می‌باشد که وظیفه امور تحقیقاتی و پژوهشی مربوط به نیروهای مسلح را عهده‌دار بوده و به بیانی هماهنگ کننده موارد مزبور بین ارکان اصلی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران است.
